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中氣十足的聲音、開懷爽朗的笑容、一頭秀麗長髮配上時髦的高跟鞋，是許多人對吳妍華的第一印象。她是國內少見的女性大學校長，一談起自己的研究，眼睛就發亮；一說起校務，言語中就充滿了對未來的期許。這顆熱切的心，正是她可以在研究及行政兩方面都如此傑出的原因。
吳妍華是中央研究院院士，專長是分子生物與生物化學，因為這樣的背景，她擔任以生醫領域為主的陽明大學校長長達10年，將陽明建設成一流的研究型大學。然而，許多人說不出口的疑問是，她如何以這樣的背景，出任以電子資訊領域為主的交通大學校長？
其實吳妍華卸任陽明大學校長後，一點也不想再當校長，但由於幾位交通大學校友三顧茅廬，才勉強答應參加遴選，沒想到就這樣被選上了。
以生醫背景帶領交大轉型
一年多前吳妍華就任交大校長時，致詞語驚四座，她說自己其實並不適任，原因有四：交大95%的科系屬於理工領域，而她的專長是生物醫學，不懂理工；她已經當了10年的陽明大學校長，現在又到交大，擔心被別人認為「很愛當校長」；她覺得自己年紀大了，頂多再做一任四年，能做的事情有限；她對校長這份工作已經產生了倦怠感，想要多些時間旅遊、陪伴親朋好友。
然而吳妍華終究還是被說動了，當被問到是哪一點說動她時，她想了想，大笑出來：「大概是被磨出來的吧！」
當初交大校友會想將吳妍華推薦給校長遴選委員會，希望她的生醫背景能與交大的強項電子、資訊、半導體結合，發展下一世代的科技。他們跟吳妍華懇談超過30次，不論吳妍華如何推拒，都不死心，甚至到遴選報名截止前一天還跟吳妍華「耗」了好幾個小時，終於讓她點頭。「他們一直跟我說，交大要轉型，需要發展跨領域，要加強生醫這一塊。我想這個部份我說不定還可以幫忙，不然我幹嘛還要再做行政工作？」說到此處，吳妍華的表情從輕鬆轉為嚴肅：「現在我既然來了，就一定會好好做。我的個性是，一旦決定要做，就要把事情做到最好！」
吳妍華指出，交大很多教授其實已經在做跨領域研究，但由於生醫領域的教授人數不夠多，不太可能像一些大學可以發展完整的生醫研究，因此一定要建立自己的特色。交大的優勢之一是很多校友都在高科技業界，其中許多人已朝生物科技的領域發展，因此交大要籌募資金或是和廠商合作的機會比較多。現在交大正在博愛校區發展「生物醫學產業園區」，除了要增聘生醫領域的教授，也要建立跨領域實驗室，邀請廠商共同研發生醫產品。她強調，台灣培養了很多生醫領域的博士，但卻有許多人找不到理想的工作，她希望交大能結合生醫和電子，進行跨系所、跨校、跨產學界的合作，以創新的做法讓擁有生醫專長者得以發揮所長，也幫助台灣的生技產業進一步發展。
對於這項艱鉅的工作，台灣聯合大學系統（由清華大學、交通大學、陽明大學、中央大學組成）系統校長曾志朗對吳妍華有很深的期許，他說在台灣幾所頂尖大學中，台大和清大校長總是當仁不讓對外負起台灣學術界的領導者角色，但以電子資訊見長的交大，卻有著強烈的工程師性格，總是將自己定位在任務導向為主的學校，少有在學術上領導和發言的文化；他希望吳妍華擔任交大校長後，要有成為領導者的企圖心。他並舉台灣清華和北京清華共同開發新實驗室為例指出，交大具有全球半導體研發的主導地位，又有參與新竹科學園區發展的豐富經驗，未來若能整合生醫領域，以其優勢加強和上海、北京、西安、西南交大合作，甚至擔任領頭羊，就有機會在世界舞台佔有一席之地。
然而一所大學要脫胎換骨，不只是增加某個研究領域那麼簡單。吳妍華為了激勵教授有更好的表現，上任後立即大力推動「彈性薪資方案」。這項制度其實已在交大研議了好一陣子，吳妍華廣徵校內教授意見，將彈性薪資獎勵的適用範圍擴大到研究、教學與服務，又新增年輕新任教授的額外補助，並整合原有各種獎勵，建構成完整制度，在她上任後的第一次校務會議就通過了。
另一項重要改革是學院院長的遴選辦法。過去交大的院長經常從院內教授中產生，但吳妍華認為主管非常重要，應擴大從各界尋找有宏觀視野的人，為學院規劃新的發展方向。這件事在校內引起一些反彈，不過在吳妍華堅持下，現在交大各學院都必須在院長任期到期前九個月組成遴選委員會，尋覓優秀人才。
吳妍華還想要將各系所的主管都改為遴選制，但因許多系所都堅持選主管是系所自己的權力，因此目前尚未做到。吳妍華表示，她並不會以校長的權力強行修改制度，而會持續溝通，以充份的理由來設法說服對方。
從胸無大志到頂尖學者
正在努力改造交大的吳妍華，其實當年剛完成學業、自美返台時，根本未曾想過自己有朝一日會成為研究學者，甚至出任大學校長。
吳妍華念台灣大學生化研究所時認識她的先生李育德，李育德去美國田納西大學攻讀博士後一年，吳妍華也跟著去了。李育德在1979年初回台灣進入清華大學化工系任教，吳妍華則在半年後回來。她說自己那時候「胸無大志」，只想在離先生不遠的地方找一份普通教職，於是去中部一所師範學院應徵，沒想到那所師範學院竟然不要博士！於是她也想去清華，可是清華有一條不成文規定：夫婦不能同校。正好這時陽明醫學院在徵人，她便去了陽明，剛開始她也不想強求做出多好的研究成果，「只要盡自己的力就好啦，一切順其自然吧！」
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