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專利授權契約中有關權利金之費用認列與計算方式，應就單純考量契約約定之權利金金額，抑或應包括契約所約定之附加稅捐？契約議定價格是否當然包含扣繳稅款？給付人負擔部分稅款是否仍應屬於權利金？此等權利金之金額究為若干之類似問題，不僅關係營利事業負責人之扣繳義務，亦關係營利事業當年度營利事業所得稅費用項下權利金支付如何列報。
雖然財政部曾於86年發布相關函釋認為，契約如有約定扣繳稅款應由我國營利事業負擔，則計算扣繳稅額之基礎應加計所負擔之扣繳稅款，惟對於契約僅約定負擔部分稅款，是否有前揭函釋之適用，又前揭函釋是否意味該負擔之稅款非屬我國營利事業為外國營利事業代墊稅款，而得列報為費用，仍存有些爭議。
爭議案例解析
案例背景：
本案例有關我國公司與國外公司簽訂生產技術授權合約，其權利金約定重點摘錄如下：
1.我國公司應支付每單位7美元之權利金予國外公司；
2.給付權利金所應扣繳之稅款，由我國公司負擔50％；
3.權利金價款依第5.2條約定「應以第5.1條提及之款項加上該金額50％的任何所得稅額」。
稅捐機關解釋：
稅捐稽徵機關將本件合約理解如下，進而否准認列由我國公司負擔50％之應扣繳稅款之權利金費用：
1.合約明文約定權利金為每單位7美元，則每單位權利金即應為7美元。
2.合約中既約定應扣繳稅款之50％由我國公司負擔，即屬「代墊他人稅捐」，不得認列權利金費用。
財政部解釋：
財政部86年9月18日台財稅第861914097號函釋（以下簡稱86年函釋）規定「二、所得稅法第八十八條規定，納稅義務人有該條所列之各類所得者，應由扣繳義務人於給付時，依各類所得扣繳率標準規定，扣取稅款。其扣繳稅款之計算，係以包括扣繳稅款在內之給付總額為基礎。我國營利事業與外國營利事業簽訂借貸或技術合作契約，雖約定外國營利事業取得之利息、權利金或技術服務報酬應納之所得稅，由我國營利事業負擔，扣繳義務人於給付時，應以外國營利事業實際取得之利息、權利金或技術服務報酬，加計其應負擔之扣繳稅款後之給付總額，作為計算扣繳稅款之基礎。」是否意味給付人得按給付稅額列報費用？又如該授權合約約定各負擔50％稅款如何適用前揭函釋？即該稅款究係以內含或外加之方式為計算扣繳稅款之基準。
應可認列權利金費用之理由
一、依86年函釋規定，既以外國營利事業實際取得之權利金加計其扣繳稅款後之給付總額作為計算扣繳稅款基礎，則以該給付總額作為權利金費用入帳，即無營利事業所得稅查核準則（以下簡稱查核準則）第90條第3款扣繳他人稅款列為本事業損費之情事。
86年函釋對於扣繳義務人若與外國營利事業約定以「淨額」給付，但於辦理扣繳時仍應依「給付總額」計算之規定。換言之，我國營利事業如依合約負擔外國營利事業應負擔之扣繳稅款，其契約給付總額即本國營利事業取得該外國營利事業提供貨物或勞務之對價，且應包括該扣繳稅款。
依一般國際交易商業習慣，外國營利事業與國內營利事業於簽訂利息、權利金或技術服務合約時，因各國稅務法令、稅率不同，外國營利事業為免稅捐造成實際可收取價金不同，於議定價格時多要求國內營利事業以不包含稅捐之淨額價款做為合約金額。為使此種付款計算方式扣繳稅款之基礎更臻明確，財政部特於86年頒布上開函釋以消弭爭議，依該函釋意旨，若我國扣繳義務人以內含扣繳稅款之「給付總額」做為計算扣繳基礎，則權利金自應以給付總額列報，與查核準則第90條第3款所稱之「扣繳他人稅款列為本事業損費」不同，按查核準則第90條第3款之規定，係給付人按「給付額」作為「給付總額」扣繳稅款，而該稅款由給付人負擔，二者實須辨明。
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