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八八水災釀成慘重災情，劉內閣遭批救災不力，引發內閣改組聲浪，然而馬政府始終沒有明確說明內閣改組幅度與人選，各界預測內閣改組幅度應該不大。在八八水災滿月，救災告一段落之際，行政院長劉兆玄突然宣布階段性任務已經完成，將在本周四行政院院會上，帶領內閣成員總辭，引爆政壇大震撼。
因為水災問題而提出內閣總辭，是一個很好的時機，台灣智庫董事長、前經建會主委陳博志對於劉內閣宣布總辭表示肯定。政大金融系教授、前立法委員李桐豪也認為，內閣總辭代表執政者對社會大眾的不滿負起責任，可以傳達出檢討過去與承諾未來的態度。
國立台灣科技大學化學工程系教授、前立法委員劉進興指出，馬政府真正的問題是核心指揮系統出了問題，若祇是小幅改組，那真的會是一種自殺的行為，實在無法平息民怨，內閣總辭可以給人民一個期待和震撼的感覺，對年底選舉也有加分的效果。
消基會創辦人柴松林則指出，去年馬總統上任的時空背景與現在已經有很大的轉變，劉內閣剛成立時還沒有爆發金融風暴，也沒有八八水災，人民期待的是一個清廉乾淨、品德高尚的新內閣，這一點劉內閣是合格的。
然而，時空環境的轉變與整體情勢的變化，讓劉內閣暴露出經驗與能力上的不足，的確應該徹底改組，重新依現在執政現實的需要來建立新的執政團隊。但柴松林也為劉揆抱屈，行政院是最高行政部門，行政院長是最高行政首長，但是實際上很多的政策決策都不是由行政院長決定的，因此政策失敗的責任很難說全在劉兆玄的身上。然而，八八水災後創新低的民調數字，讓特別重視數字管理的馬英九感到岌岌可危，對年底縣市長選戰極為不利。國民黨內部各種派系勢力，又覬覦內閣改組後的各種可能性，不斷有人砲打中央、蠢蠢欲動。內閣不總辭，恐怕壓不下來執政團隊內外的紛亂。政壇人士分析，劉兆玄的總辭與後續操作，是劉送給馬最後一個大禮。
拋開學歷迷思 改變心態放低身段
在高層刻意誤導與許多閣員都不知情的狀況下，劉兆玄突然於周一宣布周四總辭，且繼任的正副閣揆人選立即出爐，防堵了各方人士反撲運作的可能性。八八水災的經驗，讓馬英九徹底瞭解中央與地方脫節的嚴重性，過去透過學術界組成技術官僚為主的執政團隊已經無效化，必須找深具地方經驗的人士來組閣，才能挽救目前跌到谷低的聲望。
李桐豪指出，新的內閣最重要的是要改變過去的心態。參與公共事務、延攬入閣都應該有戰戰兢兢、如坐針氈的心理準備，抱持著危機處裡的態度，戒慎恐懼、勇於任事、帶著鋼盔往前衝。但是，之前的閣員入閣的心態卻比較像是騎馬進京城，大搖大擺，自我感覺良好卻完全不知社會觀感，現在被罵到臭頭，一點也不令人意外。
陳博志也認為，過去博士內閣有知識的傲慢，從不把別人的建議當一回事，每一次政策遭受批評，祇會認為是宣傳不夠，從未想要真正與意見相左者溝通，甚至還常常以不合學理的理由硬坳，非常惡劣。繼任的閣揆吳敦義似乎過去在待人處世的作風上更有爭議，陳博志很懷疑新內閣能夠改正過去的心態，願意傾聽反對黨的聲音，真正做好溝通的工作
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